Consulta sobre diseño

Hola a toda la gente del grupo !!!

Mi consulta es sobre una cuestion de diseño.
Se me presenta el caso de que muchas empresas, poseen un mismo sistema x duplicado pero que apuntan a tablas distintas por ejemplo, los archivos que guardan los encabezados de las facturas y los
renglones existen para cada sistema o empresa, pero no asi los archivos de clientes y articulos que
son los mismos.
Se me habia ocurrido utilizar en la tablas que se repiten (total y lineas por ejemplo) un campo
que identifica la empresa de esa manera tener todo en una misma tabla y procesar
la informacion segun sea de una u otra.
Lo bueno es que se puede elaborar un especie de consolidado facilmente,
lo malo es que queda todo en una misma tabla.

Alguien se ha encontrado con esta cuestion?, encontro alguna manera mejor de resolverlo?

Saludos y muchas gracias de antemano.